À compter de la deuxième ou de la troisième année, les étudiants en STAPS sont amenés à choisir un domaine de spécialisation. Ces derniers peuvent s'orienter vers un parcours axé sur l'éducation et la motricité, qui s'adresse principalement aux futurs enseignants et professeurs d'éducation physique et sportive : il s'agit de la licence STAPS la plus répandue. Davantage tournée vers les domaines de la santé et de la prévention, la mention Activités physiques adaptées et santé (APAS) s'articule autour de l'enseignement du sport à des publics en difficulté sociale ou en situation de handicap.
Plus spécifique au monde du coaching et du sport de haut niveau, le parcours Entraînement sportif vise à encadrer des sportifs dans un contexte d'amélioration de la performance ou de développement personnel. La licence STAPS mention Management du sport se concentre quant à elle sur le développement d'activités sportives à des fins marchandes, récréatives ou événementielles, tandis que la mention Ergonomie et performance motrice s'intéresse à l'optimisation du matériel sportif et de la performance.
