La rémunération en alternance varie selon plusieurs critères. Le salaire mensuel minimal s'établit à 486,61 euros pour un apprenti de moins de 18 ans en première année, et peut atteindre 1801,80 euros pour les plus de 26 ans en contrat de professionnalisation.
Un accord collectif ou le contrat de travail peuvent prévoir une rémunération plus avantageuse. Les alternants bénéficient aussi d'avantages complémentaires : prise en charge des frais de transport, mutuelle d'entreprise et exonération d'impôt sur le revenu dans la limite du SMIC annuel.
Les salaires augmentent progressivement avec l'expérience. Par exemple, un alternant en BTS passant en deuxième année verra sa rémunération majorée de 10 à 15% selon sa convention collective.